Hội HHHN được công nhận là thành viên của Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Hà Nội từ ngày 1 tháng 3 năm 1989 theo Quyết định số 530/QĐ-TC ngày 17 tháng 2 năm 1989 của Ủy ban nhân dân Thành phố Hà Nội. Các Chủ tịch Hội HHHN từ khóa I đến nay:
1) PGS. TS. Trần Thị Tâm Đan
2) Ông Phan Văn Vượng
3) GS. TSKH. Quách Đăng Triều
4) PGS. TS. Bùi Thị An
5) GS. TS. Thái Hoàng
Theo Quyết định số 45/QĐ-LLH ngày 22 tháng 8 năm 2022 của Chủ tịch Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Hà Nội, Ban Chấp hành Hội HHHN nhiệm kỳ 2022-2027 có 38 ủy viên, trong đó có 11 ủy viên Ban Thường vụ.
Ban Chấp hành Hội Hóa học Hà Nội nhiệm kỳ 2010 – 2015 (ảnh trái) và Ban Thường vụ Hội Hóa học Hà Nội nhiệm kỳ: 2022 – 2027 (ảnh phải)